Ce cours s’adresse aux étudiants du Mastère Spécialisé de Bioingénierie de l’ESPCI ParisTech. Les ressources pédagogiques sont en accès restreint à l’ESPCI.
SUPPORT DU COURS (3x3h)
- I. Rappels de probabilités (pdf)
Espace propabilisable
Espace probabilisé
Probabilités conditionnelles, théorème de Bayes
Application à l’évaluation d’un test diagnostique
Problèmes
- II. Rappels sur les distributions (pdf)
Distributions discrètes (binomiale, Poisson, hypergéométrique)
Problème : analyse statistique du séquençage en vrac
Distributions continues (gaussienne, Student, Pearson, Fisher)
- III. Rappels sur l’estimation ponctuelle et par intervalle (pdf)
Estimation ponctuelle
Étude de cas : comparaison de plas pour puces à ADN
Estimation par intervalle
Exemple tirés de publications
- IV. Rappels sur les tests d’hypothèses (pdf)
Tests de comparaison de deux échantillons
Risque de première espèce et valeur-p
Test de khi-deux
Analyse de la variance à un facteur à effet fixe
- V. Éléments d’analyse statistique de données de puces à ADN (pdf)
Prétraitements (normalisation par lowess, méthode des quantiles)
Analyses multivariées non supervisées (ACP, clustering)
Analyse différentielle (prise en considération de la multiplicité des hypothèses, notions de FWER et FDR)
Aperçu d’autres méthodes d’analyse
ANNEXES
- Table de la densité gaussienne centrée réduite (tiff)
- Table des densités de Student (tiff)
- Table des densités de Pearson (tiff)
- Table des densités de Fisher (tiff)
- Table des densité de Poisson (tiff)
- Article : Yang&Speed 2002 (pdf)
TRAVAUX PRATIQUES AVEC MATLAB (3h)
- Énoncé (pdf)
- Fichiers de données : donneesA.txt, donneesB.txt, donneesC.txt
SUJETS D’EXAMEN CORRIGÉS
LE LOGICIEL LIBRE D’ANALYSE STATISTIQUE R
- Lien avec le logiciel (utilisable avec tous les systèmes d’exploitation)
- R pour les débutants (E. Paradis)
- An Introduction to R (W. N. Venables & D. M. Smith)
- Practical Regression and Anova using R (J. J. Faraway)