Statistique appliquée à la Biologie

Ce cours s’adresse aux étudiants du Mastère Spécialisé de Bioingénierie de l’ESPCI ParisTech. Les ressources pédagogiques sont en accès restreint à l’ESPCI.

SUPPORT DU COURS (3x3h)

  • I. Rappels de probabilités (pdf)
    Espace propabilisable
    Espace probabilisé
    Probabilités conditionnelles, théorème de Bayes
    Application à l’évaluation d’un test diagnostique
    Problèmes
  • II. Rappels sur les distributions (pdf)
    Distributions discrètes (binomiale, Poisson, hypergéométrique)
    Problème : analyse statistique du séquençage en vrac
    Distributions continues (gaussienne, Student, Pearson, Fisher)
  • III. Rappels sur l’estimation ponctuelle et par intervalle (pdf)
    Estimation ponctuelle
    Étude de cas : comparaison de plas pour puces à ADN
    Estimation par intervalle
    Exemple tirés de publications
  • IV. Rappels sur les tests d’hypothèses (pdf)
    Tests de comparaison de deux échantillons
    Risque de première espèce et valeur-p
    Test de khi-deux
    Analyse de la variance à un facteur à effet fixe
  • V. Éléments d’analyse statistique de données de puces à ADN (pdf)
    Prétraitements (normalisation par lowess, méthode des quantiles)
    Analyses multivariées non supervisées (ACP, clustering)
    Analyse différentielle (prise en considération de la multiplicité des hypothèses, notions de FWER et FDR)
    Aperçu d’autres méthodes d’analyse

ANNEXES

  • Table de la densité gaussienne centrée réduite (tiff)
  • Table des densités de Student (tiff)
  • Table des densités de Pearson (tiff)
  • Table des densités de Fisher (tiff)
  • Table des densité de Poisson (tiff)
  • Article : Yang&Speed 2002 (pdf)

TRAVAUX PRATIQUES AVEC MATLAB (3h)

SUJETS D’EXAMEN CORRIGÉS

LE LOGICIEL LIBRE D’ANALYSE STATISTIQUE R

  • Lien avec le logiciel (utilisable avec tous les systèmes d’exploitation)
  • R pour les débutants (E. Paradis)
  • An Introduction to R (W. N. Venables & D. M. Smith)
  • Practical Regression and Anova using R (J. J. Faraway)

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